Dadurch kann eine lecithinreiche Masse gewonnen werden, der anschließend das Wasser wieder entzogen wird. Zur Herstellung von Lecithin Granulat werden auch Öl und Lecithin voneinander getrennt. Es bleibt ein relativ geschmacksneutrales, leicht bräunliches Granulat zurück.
In der Europäischen Union ist der Anbau von genmanipuliertem Soja verboten. Doch in den Ländern, wo Soja für die Lecithin-Produktion angebaut wird, gibt es keine vergleichbaren Vorschriften. Man geht davon aus, dass 90 % des dort angebauten Soja gentechnisch verändert wurde, um resistent gegen Unkrautvernichtungsmittel zu sein.
Da innerhalb der EU kaum Soja angebaut wird, sind Europäer auf Importe von Soja und Lecithin aus anderen Ländern angewiesen. Es wird geschätzt, dass 80 % des in Deutschland verbrauchten Soja gentechnisch verändert wurde. Deshalb lohnt es sich, Lecithin und andere Soja-Produkte nur von vertrauenswürdigen Anbietern zu beziehen.