Er habe über einen Zeitraum von mehreren Tagen selbst Chinarinde eingenommen und deshalb alle Symptome der Malaria gezeigt, nur nicht das eigentliche Fieber.
Hierin zeigt sich zum ersten Mal das Simile-Prinzip, das Hahnemann jedem homöopathischen Wirkstoff unterstellt: Die durch die Chinarinde hervorgerufenen Symptome ähneln denen von Malaria, deshalb eignet sich die Pflanze nach Hahnemanns Meinung so sehr zur Behandlung.
Ausdrücklich formuliert er das Simile-Prinzip zum ersten Mal in einem 1796 erschienenen Fachartikel. Etwa zehn Jahre später bezeichnet er seinen Behandlungsansatz in einem weiteren Artikel zum ersten Mal als homöopathisch. 1810 veröffentlicht Hahnemann schließlich das „Organon der Homöopathie“, das Fachbuch, auf das sich die homöopathische Lehre heute noch beruft.
Samuel Hahnemann führte bald das Prinzip der Potenzierung von Arzneistoffen ein. Hierbei wird der Hauptinhaltsstoff stark verdünnt, zum Beispiel mit Ethanol, Milchzucker oder destilliertem Wasser. Allerdings erfolgt nicht nur eine „normale“ Vermischung. Stattdessen wird die Arznei durch Verschütteln oder Verreiben dynamisiert. Dadurch wird dem Mittel laut Hahnemann Energie zugeführt und die spezifische Arzneikraft des Wirkstoffes freigesetzt. Die Arzneikraft ist eine physikalisch nicht messbare Größe, die sich auch dann entfalten soll, wenn sich durch starke Verdünnung kein Molekül des Wirkstoffs mehr in der verabreichten Lösung befindet. Die von Hahnemann empfohlene Potenz für die meisten homöopathischen Arzneimittel beträgt 1: 1060. 1060 entspricht einer Eins mit 60 Nullen dahinter.
Die Wahl des passenden Mittels erfolgt unter Zuhilfenahme von Büchern, in denen die Wirkungen verschiedener Inhaltsstoffe aufgelistet sind. Dabei wird unterschieden, wie häufig sie die beschriebenen Symptome bei gesunden Menschen ausgelöst haben und wie viele Kranke schon erfolgreich mit ihnen behandelt wurden.
