Da mit der Zeit auch verschiedene wohlhabende und einflussreiche Menschen zu Kneipps Patienten zählten, sprachen sich seine Methoden immer schneller herum. In Wörishofen entstanden mehr und mehr Gasthäuser, um die Patienten zu beherbergen. Kneipp begann, sein Wissen in Büchern niederzuschreiben. Als der Pfarrer 1889 sein zweites Buch schrieb, kamen allein im August 4.000 Kurgäste nach Wörishofen. Teilweise mussten sie in den umliegenden Orten untergebracht werden.
1893 wurde Kneipp zum Päpstlichen Geheimkämmerer ernannt und im folgenden Jahr erhielt er eine Audienz bei Leo XIII. und behandelte ihn. 1897 starb er an einem Tumor, doch seine Lehren wurden durch seine Bücher und die Arbeit verschiedener Kneipp-Vereine weiterverbreitet. Heute tragen 78 deutsche Städte das Prädikat „Kneippkurort“.
Seit 2010 ist Kneipps Geburtstag am 17. Mai der offizielle Sebastian-Kneipp-Tag. Der Tag ist ein offizieller Gesundheitstag der Bundeszentrale für gesundheitliche Aufklärung und wird von den zahlreichen Kneipp-Vereinen für Aktionen genutzt, welche auf die Gesundheitsförderung hinweisen sollen.
Kneipps medizinische Lehren und damit auch die Kneippkur gründen sich auf fünf Säulen, von denen Wasseranwendungen die bekannteste ist. Insbesondere erhalten die Patienten Kneippgüsse und praktizieren das Wassertreten.